Pernette Verschure, is 1 juli 2021 benoemd tot bijzonder hoogleraar Functionele Dynamiek van het Epigenoom aan de Faculteit der Geneeskunde (Amsterdam UMC) van de Universiteit van Amsterdam (UvA). De leerstoel is ingesteld vanwege het Genootschap ter bevordering van Natuur-, Genees- en Heelkunde. Prof. Verschure, tevens werkzaam bij de Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica (FNWI) van de UvA, verbindt hiermee haar fundamentele onderzoek met de medische toepassing wat unieke kansen biedt voor het formuleren van interfacultaire interdisciplinaire onderzoeks thema’s.
Eén van de belangrijkste bevindingen van Verschure’s onderzoeksgroep is dat juist de dynamische epigenetische genregulatie en de variabiliteit tussen cellen een belangrijke rol spelen bij responsiviteit van cellen. Epigenetische veranderingen kunnen leiden tot een pathologische ontregeling en het hieraan gekoppeld ontstaan van ziekte en verloop van ziektebeeld. De afgelopen jaren is door de Verschure’s groep geïnvesteerd in het verder ontwikkelen van innovatieve technologieën om mechanistisch inzicht te krijgen in het functioneren van epigenetische dynamiek zoals experimentele methoden om het epigenoom te veranderen ‘epignetisch editen met CRISPR/dCas’, kwantitatieve, uiterst gevoelige ‘single molecule’ en ‘real-time’ als ook ‘superresolutie’ microscopische metingen in individuele cellen. Een belangrijke aanpak in het Verschure lab is het gebruik van gegenereerde cellen gecombineerd met computersimulaties om systeemgedrag van het epigenoom te voorspellen met o.a. ontwikkelde stochastische computer modellen, ‘machine learning’ en bioinformatica.
Het huidige onderzoek van Verschure richt zich op het toepassen van de opgedane kennis in pathologische condities. Een belangrijk focus is de rol van epigenetische regulatie in hormoongevoelige borstkanker progressie en behoud van gevoeligheid voor behandeling. Hiertoe heeft Verschure een internationaal consortium geïnitieerd en gecoördineerd, i.e. EU H2020 EpiPredict, http://epipredict.eu, een door de EU commissie gesubsidieerde multidisciplinaire samenwerking met 15 academische en industriële partners, uit acht verschillende landen, waarbij 11 promovendi werden opgeleid, waarvan 5 promovendi bij UvA. Het onderzoek van Verschure biedt veel mogelijkheden voor interdisciplinaire toepassing, naast het borstkanker onderzoek ligt het focus op het functioneren van het epigenoom tijdens DNA schade en reparatie en gerelateerde tumor behandeling (samenwerking ErasmusMC) en het meten van veroudering o.a. als forensische toepassing (samenwerking met Nederlands Forensisch Instituut (NFI) en UAMC).
Verschure is van plan om met de huidige leerstoel naast haar fundamentele onderzoek verder te verdiepen in klinische toepassingen in samenwerking met onderzoekers van de medische faculteit. Verschure gaat zich onder andere richten op de rol van interacties tussen verschillende celtypen tijdens ontstekingsreacties. Het bijregelen van immuunregulatoire cellen door deze cellen epigenetisch te herprogrammeren wordt op dit moment als een enorm veelbelovende methode gezien. Verschure: “Maar er is nog veel onbekend. De wijze waarop verschillende celtypen met elkaar samenwerken en of dynamiek in epigenetische
regulatie van het ene celtype wordt overgedragen op de andere, dit is allemaal nog vrijwel onontgonnen terrein”. Verschure is op dit moment bezig met een subsidieaanvraag voor een groot (inter)nationaal consortium onder andere samen met prof. Rots (UMCG), waarmee Verschure al een langdurige samenwerking heeft. Verschure: “We beogen ‘epigenetisch editen’ met het CRISPR/Cas platform als sleuteltechnologie verder te ontwikkelen. Epigenetisch bijsturen van ontregelde genen biedt unieke kansen niet alleen voor borstkanker onderzoek maar ook voor immuunregulatoire ziekten en het effect van veroudering en UV straling op de huid maar ook vanuit biotechnologische hoek, voor het maken van planten met nieuwe eigenschappen om klimaatveranderingen te overleven“
Verschure werkt sinds 2008 als universitair hoofddocent en groepsleider bij de UvA op het Swammerdam Institute for Life Sciences bij FNWI. Verschure ontving verschillende prestigieuze beurzen, subsidies en onderscheidingen voor haar onderzoek (een NWO-Postdoc Universitaire Loopbaan Stimulatie (PULS), -VIDI en -Meervoud subsdie, EU H2020 MSCA-ITN ‘Epi-Predict’, EULAR Young Investigation Award, New Investigation Recognition Award, Young Investigation Award en de Feulgen Prize van de Society for Histochemistry. Verschure was als gast onderzoeker met een KNAW reisbeurs werkzaam bij Smith Kline Beecham Pharmaceuticals (USA) en als visiting scientist bij de University of Illinois (USA). De intensieve betrokkenheid van Verschure in toonaangevende EU consortia o.a. coördinator van EU H2020 EpiPredict (http://epipredict.eu), ‘The Life Time’ initiatief, een EU Flagship FET programma (https://lifetime-fetflagship.eu/), workgroup leider van het International Nucleome (INC) (https://inc-cost.eu/) COST Action netwerk, en haar rol als ‘associate editor’ van een nieuw opgericht Springer Nature journal ‘Epigenetic Communications’ (https://epicom.biomedcentral.com/), geeft haar een goed overzicht van en toegang tot Europese partners. Naast haar onderzoek geeft Verschure onderwijs als coördinator en docent in een scala van Master en Bachelor als ook PhD en postdoc cursussen op FNWI, UvA en ze treedt op als chair van de examencommissie van de Master in Forensic Sciences op FNWI.