In het midden van de 18de eeuw bestond er een duidelijk onderscheid tussen beoefenaren van de geneeskunde en die van de heelkunde. De eerstgenoemden studeerden aan de academie en waren meestal afkomstig uit de gegoede stand. De heelkundigen daarentegen, meestal afkomstig uit de minder ontwikkelde groeperingen, moesten zich via het uit de Gilden afkomstige leerling-knecht-meester stelsel zonder een geëigende opleidingsschool tot meester-chirurgijn opwerken.

Heelkunde werd wel aan de academie gedoceerd, maar dat gebeurde in het Latijn, zodat het niet verwonderlijk was dat het wetenschappelijk peil van het merendeel der chirurgijns niet altijd hoog was. Om aan deze toestand een einde te maken werd op 9 maart 1790 te Amsterdam onder leiding van Andreas Bonn het “Genootschap ter bevordering der Heelkunde” opgericht met als doel “de Volmaking der Heelkunde en de uitbreiding dezer onder de Nederlandsche Heelmeester”. Dit Genootschap is de grondslag geweest voor het huidige Genootschap ter bevordering van Natuur-, Genees- en Heelkunde. De leden van het Genootschap trachtten het doel te bereiken door regelmatig wetenschappelijke bijeenkomsten te houden, waar voordrachten werden gehouden en mededelingen werden gedaan, vastgelegd en uitgegeven in Verhandelingen en door het uitschrijven van prijsvragen, zoals ook in diverse andere vergelijkbare gezelschappen gebruikelijk was. In het midden van de 19de eeuw groeiden de Geneeskunde en de Heelkunde steeds verder naar elkaar en het Genootschap zag in dat een aanpassing van de opzet noodzakelijk was om de Heelkunde uit haar geïsoleerde positie te halen. Het gevolg was dat de grondslag werd verruimd en het “Genootschap van Genees- en Heelkunde” een feit werd.

Tegen het einde van de 19de eeuw realiseerde men zich de enorme invloed, die de snel groeiende kennis op het gebied van de Natuurwetenschappen op de beoefening van de Geneeskunde had en vond wederom een uitbreiding van de opzet plaats. Het Genootschap kreeg in 1870 zijn huidige naam “ter bevordering van Natuur-, Genees- en Heelkunde”. Overigens waren de beoefenaren van de Natuurwetenschappen in voorgaande jaren al toegelaten als buitengewoon lid.

Van 1853 tot 2000 heeft het Genootschap bestaan uit een aantal secties die een bepaald wetenschapsterrein bestreken. Met de laatste statutenwijziging in 2000 is besloten de afzonderlijke secties op te heffen en daardoor het interdisciplinaire karakter van het Genootschap beter tot zijn recht te laten komen.